پیش‌بینی اهداف MicroRNAهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش‌های بیوانفورماتیکی

نویسنده

  • صادقی, بلال دکتری تخصصی ژنتیک حیوانی (ژنتیک مولکولی و بیوانفورماتیک)، استادیار گروه بهداشت و مواد غذایی، دانشکده دامپزشکی، دانشگاه شهید باهنرکرمان، کرمان، ایران
چکیده مقاله:

مقدمه: پیش‌بینی اهداف miRNA‌ها از اهمیت ویژه‌ای برخوردار است. توسعه روش‌های محاسباتی و متعاقباً صرفه‌جویی در هزینه و زمان پژوهش‌های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت miRNA‌ها می‌گذرد، روند پژوهش‌ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل‌گیری دیتابیس‌های بیولوژیکی و درک اهمیت آن‌ها، دانشمندان بر روی این زمینه سرعت مطالعات و توجه خود را افزایش داده‌اند. تاکنون چندین روش کامپیوتری برای پیش‌بینی اهداف miRNAها ساخته شده است ولی اکثر این روش‏ها دارای نرخ بالایی از مثبت‏های اشتباه هستند و هنوز جا برای بهبود این روش‌ها وجود دارد. از آنجا که مطالعات جدید نشان می‏دهد که miRNAها در بافت‏های مختلف دارای اهداف متفاوتی هستند، هدف از این مقاله ارائه‏ یک روش کامپیوتری برای پیش‌بینی اهداف، در سرطان سینه می‏باشد، تا به این طریق با اطمینان بیشتری بتوان به پیش‌بینی اهداف در این سرطان پرداخت. روش: در این پژوهش، ابتدا انواع ویژگی‌ها استخراج شده، سپس ویژگی‌های برتر توسط دو روش CFS و ReliefF انتخاب گردیدند. انواع مدل‌های هوشمند از جمله شبکه عصبی، ماشین بردار پشتیبان با سه هسته متفاوت، الگوریتم نائیوبیز و درخت تصمیم‌گیری Random Forest بر روی داده‌ها با روش اعتبارسنجی ضربدری 10تایی تست و نتایج آن‌ها با یکدیگر مقایسه و تحلیل شد. سپس برای تأیید نتایج حاصل از داده‌های بیان ژن بهره گرفته شد. نتایج: با استفاده از این روش 124 اثر متقابل عملگر، شامل 21 miRNA و 38 mRNA، در سرطان مورد نظر پیش‌بینی گردید. نتیجه‌گیری: این رویکرد از لحاظ بیوانفورماتیکی برای سرطان سینه مورد تأیید قرار گرفت اما برای تأیید بیشتر این پیش‌بینی‌ها، نیاز به استفاده از روش‌های آزمایشگاهی می‌باشد.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

پیش بینی اهداف micrornaهای دخیل در سرطان سینه با استفاده از روش های بیوانفورماتیکی

مقدمه: پیش بینی اهداف mirna ها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. توسعه روش های محاسباتی و متعاقباً صرفه جویی در هزینه و زمان پژوهش های آزمایشگاهی، تأثیر به سزایی در افزایش سرعت ساخت داروهای درمانی از جمله داروهای ضد سرطانی دارد. با توجه به این که زمان کمی از شناخت mirna ها می گذرد، روند پژوهش ها در ابتدا کند بود. اما به مرور با شکل گیری دیتابیس های بیولوژیکی و درک اهمیت آن ها، دانشمندان بر روی این ...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

متن کامل

بررسی بیوانفورماتیکی میانکنش بین میکرو RNAها با ژن‌های دخیل در عود مجدد سرطان پستان درمان شده با تاموکسیفن

Background and Objective: Tamoxifen is the most commonly used treatment for the patients with breast cancer called ER +, which prevents the expression of genes that are effective in the growth and proliferation of cancer cells by estrogen. Resistant to Tamoxifen is a major clinical problem in breast cancer treatment. In recent studies, the role of microRNAs in tamoxifen resistance has been rais...

متن کامل

بررسی میزان مشارکت ژن‌های دخیل در سرطان سلول‌های استرومای سینه بر اساس تجزیه و تحلیل نتایج ریزآرایه با استفاده از مدل ریاضی

سابقه و هدف: سرطان سینه شایعترین نوع سرطان و عمده‌ترین دلیل مرگ‌ ناشی از سرطان در زنان سراسر دنیا است. تعیین عوامل مؤثر در این بیماری یکی از دغدغه‌های جامعه پزشکی امروز است. عوامل ژنتیکی یکی از مؤثرترین عوامل در بروز سرطان سینه هستند. برخی گزارشات پزشکی به طور انتزاعی به نقش برخی از ژن‌ها در این بیماری اشاره کرده‌اند. در این پژوهش با توجه به عدم وجود اطلاعات کافی و معتبر برای مدل‌سازی ریاضی درب...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


عنوان ژورنال

دوره 3  شماره None

صفحات  18- 28

تاریخ انتشار 2016-06

با دنبال کردن یک ژورنال هنگامی که شماره جدید این ژورنال منتشر می شود به شما از طریق ایمیل اطلاع داده می شود.

کلمات کلیدی

کلمات کلیدی برای این مقاله ارائه نشده است

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023